801艇上,大家都进入枯燥但严谨的远航生活,各自牵挂着自己的家人、爱人。潜艇进入预定航道,开始了一系列的测试和实验。在不断的测试过程中,五舱出现了液压系统故障,卢一涛(高旻睿 饰)报告说航行一切正常。尚堂(王阳 饰)主动请缨到五舱查看情况,发现出了液压系统受到海底高压的影响出了故障,其他一切正常。周艇长让尚堂及时抢修,注意操作安全。周艇长对大家说鼓气,说五舱出现故障说明801艇还是存在一些隐患,但是要大家坚定信心,相信自己身边的战友,心怀祖国,一定完成好这次深潜实验任务。801艇成功到达五号海域,五舱的液压系统已经抢修好,这时鹿宁(韩宇辰 饰)发现了海面上不明舰体的航行噪音。周艇长指挥着大家下潜,向不明舰体发生了鱼雷干扰弹,不明舰体终于渐渐的远离。大家都高兴不已,801艇慢慢的浮出了水面。周艇长将卢一涛带到了潜艇上,看着茫茫的大海,周艇长问卢一涛有什么想法。卢一涛说一望无际的大海,周艇长说大海是有尽头的,只要一直按照航线一直向前。卢一涛说自己只要看到大海,就觉得吕艇长在自己身边。周艇长说接下来的长航会考验大家的欲望和耐力,要卢一涛在适当的时间把信息传达给大家。长航十五天,姜耀(徐洋 饰)开始情绪急躁,大家都以为他是想小夏了,但是韩冰洋(金禹伯 饰)状态还不错。卢一涛说长时间的航行焦躁是正常的,姜耀死不承认。卢一涛和韩冰洋一唱一和的说一跳潜艇就是一个人,潜艇上的所有人都是血脉相连。长航二十五天,卢一涛告诉陈政委习楠已经一天没有吃东西了,陈政委说长航出现厌食是正常的,让卢一涛带习楠去餐厅。卢一涛将金子晴(刘璐 饰)的第一封信拿给政委,政委让卢一涛自己打开。晚餐时间,习楠还是不想吃饭,这时,政委的声音在广播里响起,政委充分肯定了大家这段时间艰苦耐劳的精神,说自己给大家准备了一份礼物,让大家好好聆听来自龙宫的深海之音。韩冰洋的琴声随着广播温柔的安抚了所有人的内心,习楠开始吃饭了,卢一涛松了一口气。长航五十天,鹿宁开始严重失眠,两天两夜没合眼。尚堂问他是否听过音乐,卢一涛说韩冰洋的手都快拉断了,还是没有任何的效果。在尚堂的提示下,卢一涛拿出了金子晴的第二封信,上面只有一个字:动。尚堂和卢一涛带着大家做运动,运动后鹿宁进入了香甜的梦乡。卢一涛和尚堂进行着较量,卢一涛将金子晴最后一封信交给了尚堂。尚堂问卢一涛这么选择会不会后悔,卢一涛说人生都是一个选择接着一个选择,但是自己绝不后悔。尚堂说那要是以后自己和金子晴有任何的发展,也希望卢一涛不要后悔。司令将金子晴和沈文(滕砹 饰)叫到办公室,说这次长航因为条件不允许所以没有让她们去,现在让他们去801艇即将到达的目标港口,在方舟号医疗船上为他们进行一次全面的体检和心理评估。两人保证一定完成任务。长航九十天,当周艇长宣布了这个九十天已经打破了中国海军长航的记录时,大家高兴不已。周艇长说大家都承认了巨大的压力,同样的机器设备也是一样的,越是这种极限的时候,机器设备出现故障的几率就越大,需要大家继续保持高度的注意。同时周艇长宣布了801艇即将停靠目标港口进行补给和维修,所有的官兵都将分批接受身体检查和心里评估。高迪(张家鼎 饰)一高兴,撞在桌子上把脑袋撞伤了,周艇长吩咐明天一靠港就把他送上去接受治疗。在经过了九十天的长航后,大家终于第一次感受到了阳光照耀在身上的温暖。大家分开进行身体检查。金子晴和卢一涛在电梯遇到,卢一涛说自己一切良好。姜耀找到金子晴,说自己这次长航是一个很特别的体验,出发前先写好自己的遗书,明明自己还活在这个世界上,但是已经安排好自己以后的生活。姜耀将自己和父母关系的不好的事情告诉了金子晴,说自己发现最担心的其实就是父母和小夏。金子晴让他回去后就和父母和好,只要是他开口,父母一定很高兴的。金子晴找到尚堂,让他等着晚上结束工作后来找自己。尚堂高兴不已,被治疗的医生调侃。鹿宁借口自己胸闷想要沈文给自己检查一下,被韩冰洋不留情面的拆穿了。高迪躺在病床上,沈文来看他,两人发现是老乡,相谈甚欢,不料被席楠(袁布 饰)中途截胡,把沈文带走了,高迪郁闷不已。席楠说自己在长航的最后都快忘了怎么表达了,但是现在就想把三个月都没有说的话全部说完,沈文笑着说洗耳恭听。